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有机肥种类很多，包括畜禽粪尿、炭土、有机污物、作物秸秆，还有绿肥、饼粕、草木灰、污泥、生活垃圾与污水等等，其中畜禽粪尿除少量用于燃料与工业原料外，大部分可用于有机肥。长期以来，广大果农都只注意到它的优点而忽略了其弊端，如果长期大量使用未经无害化处理的畜禽粪肥，对土壤环境和农产品质量都会造成威胁，还可能对人体健康或其它生物产生潜在威胁。因此，果园使用有机肥必须经过腐熟发酵，这是因为肥料经过高温堆制发酵后，一方面可杀灭其中的有害生物，降低有机肥使用中的安全隐患。另一方面可提高养分的有效性。
1 畜禽粪肥或以畜禽粪肥为主要原料的有机肥的弊端
目前，常见的畜禽粪肥是猪、牛、羊粪及鸡、鸭、鹅粪和鸽粪或以前者为主要原料的有机肥。不合理施用或施用不当或滥施畜禽粪肥和畜禽粪肥为主要原料的有机肥，均会对作物、土壤及环境产生不良影响，严重者污染土壤、空气，造成地力下降，甚至危害人体健康。应加深认识，及早做好预防及补救措施。
1.1 改变土壤性质，破坏土壤耕作性，损伤根系
未经处理的畜禽粪肥或以畜禽粪肥为主要原料的有机肥含盐分较重。容易使土壤盐化；升高土壤盐浓度、提高营养元素对农作物的肥效临界点、增大施肥量，会造成土壤可耕作性能退化。新鲜畜禽粪中的氮主要为尿酸盐类，这种盐类不易被作物直接吸收利用，它在土壤中分解时消耗大量氧气，释放出二氧化碳，易伤植物幼根，严重时会导致烧苗、烧根；未经腐熟的有机肥施人土壤后，要进行腐熟和分解，在分解过程中要放出大量热量，在高温天气使用，易烧苗烧根；而起分解作用的微生物，在自己繁殖过程中，还要吸收土壤中的氮肥，与果树争水争肥。还有在生产中鸡粪便往往用火碱冲洗，而火碱对果树生长有害，肥料通过发酵所产生的有机酸可部分或完全中和火碱，减少或杜绝火碱对果树根系造成伤害。畜禽粪肥或以畜禽粪肥为主要原料的有机肥肥性较热，大部分未用石灰中和，使土壤进一步酸化，而使用石灰中和时，又易致土壤板结。
1.2 未经处理的畜禽龚含有大量的病原性微生物、虫卵和杂草种子
其中以细菌最多、放线菌次之、真菌较少，可以检出芽孢杆菌属、大肠杆菌以及十多个属的真菌和一些寄生虫等。畜禽粪本身呈酸性还易引发病虫害，如果未经发酵的有机肥直接施入土壤，经雨水冲洗进入土壤，容易直接污染水体造成水体富营养化，容易与作物产生病虫害交叉感染，导致果树病害严重，甚至在土壤中产生毒气和酸害，造成发酵烧苗，损害根系，导致果树败根死亡，会造成对土壤的生物污染及人、畜身体健康的影响。新鲜粪便需加入污水或与其它有机肥料作堆肥混合堆积，经过堆沤充分腐熟后才能施用。尤其是畜禽饲料中的添加剂含激素成分很高，应通过堆制进行脱激素处理；同时，畜禽中易带蛔虫卵，鸡粪尿堆制需要40天；猪粪50天；牛粪20天以上进行杀灭；才可安全用于生产，冬季堆沤气温低，要比夏秋季延长2个月。堆肥腐熟的标准是：闻不到堆积物有臭气，堆肥呈暗褐黑色，质地柔软腐烂，用手拉捏极易断碎，含水量增大，碳氮比缩小到20以下，堆肥呈中性至微碱性。
1.3 盲禽粪肥存在着重金属、微量元素含量超标的问题
由于畜禽饲料中大量添加铜、铁、锌、锰、钻、硒和碘等微量元素，许多未被畜禽吸收的重金属、微量元素积累在畜禽粪便中。据有关单位调查，一些大中型畜禽养殖场所使用的饲料中，重金属污染比较严重，铜、锌、铬、铅和镉的含量普遍超过国家饲料卫生标准或无公害生产饲料标准，尤其砷和汞等毒害索也个别超标；一旦施入土壤会造成对土壤的重金属污染。导致蔬菜、水果重金属含量超标，对绿色食品安全造成威胁。
1.4 造成环境污染
未经处理的畜禽粪肥中的大景硫化氢、醇类、酚类、醛类、酮类、酰胺类、吲哚和对氮苯等恶臭成分，造成空气环境污染。
1.5 禽粪肥杂质较多，养分含量极不稳定
以畜禽粪肥为主要原料的有机肥需要堆沤腐熟后使用，人工多、周期长。未腐熟畜禽粪营养元素含量低，分解缓慢，短时间内难以保证养分的充分供应。目前大都处理简单，故杂质较多，养分含量偏差极大，含量极不稳定，无法保证肥料养分含量及效果。
2 禽畜粪尿有机肥的优点
畜禽粪肥经过腐熟后的有机肥具有许多优点。
2.1 养分齐全，促进作物增产增收
禽畜粪尿有机肥由于含有丰富的有机质，可以全面提供作物氮磷钾及多种中微量元素，大幅提高农产品的品质，施用后可以有效改善土壤理化性状，疏松土壤，增强土壤透气性，大幅提高地力。生物有机肥成分中含有如同氮菌、解磷菌、解钾菌等，施用后可转化土壤中的营养物质为作物所用，源源不断给作物供应养分。
2.2 生物活性物质丰富，可促进作物生长
禽畜粪尿有机肥的施用会使大量有益活性菌迅速繁殖，可有效抑制有害微生物的生长，同时产生多种酶，促进作物健壮生长，增强作物的抗逆和抗病虫害能力，减少农药施用量，缓解连作障碍。
2.3 改善地力，推动循环农业发展
大量有益活性菌直接参与土壤物质和能量转化、腐殖质形成和分解等过程，对土壤团粒结构起到胶粘作用，有效改善土壤物理性状，增强土壤的透气、保水、保肥能力，防止土壤板结和酸化，培肥地力，提高肥料利用率，降低施肥成本，使土地实现良性循环。
使用禽粪肥时一定要做到充分腐熟。并作适当的调制后施用。如果条件允许最好选用经工厂化处理后，较有信誉的商品有机肥，保持并提升了禽畜粪尿有机肥的优点，省工省时，肥料品质有保证，避免了禽畜粪尿的缺点。
1 畜禽粪肥或以畜禽粪肥为主要原料的有机肥的弊端
目前，常见的畜禽粪肥是猪、牛、羊粪及鸡、鸭、鹅粪和鸽粪或以前者为主要原料的有机肥。不合理施用或施用不当或滥施畜禽粪肥和畜禽粪肥为主要原料的有机肥，均会对作物、土壤及环境产生不良影响，严重者污染土壤、空气，造成地力下降，甚至危害人体健康。应加深认识，及早做好预防及补救措施。
1.1 改变土壤性质，破坏土壤耕作性，损伤根系
未经处理的畜禽粪肥或以畜禽粪肥为主要原料的有机肥含盐分较重。容易使土壤盐化；升高土壤盐浓度、提高营养元素对农作物的肥效临界点、增大施肥量，会造成土壤可耕作性能退化。新鲜畜禽粪中的氮主要为尿酸盐类，这种盐类不易被作物直接吸收利用，它在土壤中分解时消耗大量氧气，释放出二氧化碳，易伤植物幼根，严重时会导致烧苗、烧根；未经腐熟的有机肥施人土壤后，要进行腐熟和分解，在分解过程中要放出大量热量，在高温天气使用，易烧苗烧根；而起分解作用的微生物，在自己繁殖过程中，还要吸收土壤中的氮肥，与果树争水争肥。还有在生产中鸡粪便往往用火碱冲洗，而火碱对果树生长有害，肥料通过发酵所产生的有机酸可部分或完全中和火碱，减少或杜绝火碱对果树根系造成伤害。畜禽粪肥或以畜禽粪肥为主要原料的有机肥肥性较热，大部分未用石灰中和，使土壤进一步酸化，而使用石灰中和时，又易致土壤板结。
1.2 未经处理的畜禽龚含有大量的病原性微生物、虫卵和杂草种子
其中以细菌最多、放线菌次之、真菌较少，可以检出芽孢杆菌属、大肠杆菌以及十多个属的真菌和一些寄生虫等。畜禽粪本身呈酸性还易引发病虫害，如果未经发酵的有机肥直接施入土壤，经雨水冲洗进入土壤，容易直接污染水体造成水体富营养化，容易与作物产生病虫害交叉感染，导致果树病害严重，甚至在土壤中产生毒气和酸害，造成发酵烧苗，损害根系，导致果树败根死亡，会造成对土壤的生物污染及人、畜身体健康的影响。新鲜粪便需加入污水或与其它有机肥料作堆肥混合堆积，经过堆沤充分腐熟后才能施用。尤其是畜禽饲料中的添加剂含激素成分很高，应通过堆制进行脱激素处理；同时，畜禽中易带蛔虫卵，鸡粪尿堆制需要40天；猪粪50天；牛粪20天以上进行杀灭；才可安全用于生产，冬季堆沤气温低，要比夏秋季延长2个月。堆肥腐熟的标准是：闻不到堆积物有臭气，堆肥呈暗褐黑色，质地柔软腐烂，用手拉捏极易断碎，含水量增大，碳氮比缩小到20以下，堆肥呈中性至微碱性。
1.3 盲禽粪肥存在着重金属、微量元素含量超标的问题
由于畜禽饲料中大量添加铜、铁、锌、锰、钻、硒和碘等微量元素，许多未被畜禽吸收的重金属、微量元素积累在畜禽粪便中。据有关单位调查，一些大中型畜禽养殖场所使用的饲料中，重金属污染比较严重，铜、锌、铬、铅和镉的含量普遍超过国家饲料卫生标准或无公害生产饲料标准，尤其砷和汞等毒害索也个别超标；一旦施入土壤会造成对土壤的重金属污染。导致蔬菜、水果重金属含量超标，对绿色食品安全造成威胁。
1.4 造成环境污染
未经处理的畜禽粪肥中的大景硫化氢、醇类、酚类、醛类、酮类、酰胺类、吲哚和对氮苯等恶臭成分，造成空气环境污染。
1.5 禽粪肥杂质较多，养分含量极不稳定
以畜禽粪肥为主要原料的有机肥需要堆沤腐熟后使用，人工多、周期长。未腐熟畜禽粪营养元素含量低，分解缓慢，短时间内难以保证养分的充分供应。目前大都处理简单，故杂质较多，养分含量偏差极大，含量极不稳定，无法保证肥料养分含量及效果。
2 禽畜粪尿有机肥的优点
畜禽粪肥经过腐熟后的有机肥具有许多优点。
2.1 养分齐全，促进作物增产增收
禽畜粪尿有机肥由于含有丰富的有机质，可以全面提供作物氮磷钾及多种中微量元素，大幅提高农产品的品质，施用后可以有效改善土壤理化性状，疏松土壤，增强土壤透气性，大幅提高地力。生物有机肥成分中含有如同氮菌、解磷菌、解钾菌等，施用后可转化土壤中的营养物质为作物所用，源源不断给作物供应养分。
2.2 生物活性物质丰富，可促进作物生长
禽畜粪尿有机肥的施用会使大量有益活性菌迅速繁殖，可有效抑制有害微生物的生长，同时产生多种酶，促进作物健壮生长，增强作物的抗逆和抗病虫害能力，减少农药施用量，缓解连作障碍。
2.3 改善地力，推动循环农业发展
大量有益活性菌直接参与土壤物质和能量转化、腐殖质形成和分解等过程，对土壤团粒结构起到胶粘作用，有效改善土壤物理性状，增强土壤的透气、保水、保肥能力，防止土壤板结和酸化，培肥地力，提高肥料利用率，降低施肥成本，使土地实现良性循环。
使用禽粪肥时一定要做到充分腐熟。并作适当的调制后施用。如果条件允许最好选用经工厂化处理后，较有信誉的商品有机肥，保持并提升了禽畜粪尿有机肥的优点，省工省时，肥料品质有保证，避免了禽畜粪尿的缺点。