目的探讨深圳市结核分枝杆菌对利福平、异烟肼耐药变化趋势,为结核病防控策略调整提供依据。方法对2002—2017年深圳市登记的所有涂阳肺结核病患者进行痰检,对罗氏培养阳性菌株进行菌型鉴定和耐药检测,采用Joinpoint regression program软件计算年度变化百分比并进行趋势检验。结果共检测19 098株结核分枝杆菌菌株,其中单耐异烟肼1 726株,单耐利福平954株,同时耐异烟肼、利福平812株。2002—2011年深圳市结核分枝杆菌异烟肼耐药率以每年3.81%的平均速率下降(P=0.04);2012—2014年以每年5.34%的平均速率上升(P=0.62);2015—2017年以每年20.82%的平均速率再次下降(P=0.18);2002—2004年深圳市结核分枝杆菌利福平耐药率以每年23.89%的平均速率下降(P=0.13);2005—2015年以每年0.99%的平均速率波动(P=0.15);2016—2017年以每年46.50%的平均速率下降(P=0.01);2002—2010年深圳市结核分枝杆菌同时对异烟肼、利福平耐药率以每年4.16%的平均速率下降(P=0.17);2011—2015年以每年平均2.24%的平均速率上升(P=0.47);2016—2017年以每年14.26%的平均速率上升,呈加快趋势(P=0.69)。结论深圳市结核分枝杆菌对异烟肼、利福平耐药率均呈阶段性变化,其中对异烟肼、利福平单耐药率在波动中呈下降趋势,而耐多药结核分枝杆菌检出率近年来在波动中呈上升趋势,且以传播导致的耐药为主,应该调整防控策略,把重点转移至加强结核病患者的主动发现,做好传染源的隔离,特别是痰检阳性耐多药结核病患者。