一些抗菌药物本身或其代谢物进入肾脏后可引起肾功能或结构的改变，导致肾小管退行性病变或急性坏死。因此，合理应用肾毒性抗菌药物，对保护肾脏至关重要。
　　氨基糖苷类抗生素
　　本类药物是肾毒性较大的一类抗生素，肾毒性与用药时间、剂量有关。应用3-7天后有8%～26%的患者出现轻度肾功能障碍。出现肾脏浓缩功能受损，蛋白尿和管型尿。大多可逆。7～10天后出现肾小球滤过率降低、少尿、肾小管坏死，伴肾性失钾和失镁，由此引起低钾血症、低镁血症。个别患者表现为非少尿型急性肾功能衰竭，少数病例可有类似范可尼综合征的表现。肾毒性表现为血尿素氮、血肌酐升高，偶可致急性肾衰竭。
　　多粘菌素B
　　损害肾小管，引起蛋白尿、管型尿，甚至出现血尿，继续发展可致少尿、血尿素氮及血肌酐升高，严重者出现肾小管坏死，甚至肾衰竭。肾毒性与剂量、疗程相关，原有肾病者易发生，一般治疗开始即可出现，常见于三四天后，停药后可恢复或好转。
　　四环素
　　少见血尿素氮、血肌酐升高，肾功能不全者可加重肾损害。
　　青霉素
　　大剂量应用可引起肾衰竭及间质性肾炎。重度肾功能损害者应调整剂量或延长给药间隔。
　　万古霉素
　　损害肾小管，早期有蛋白尿、管型尿，继而出现血尿、少尿等，严重者可致肾功能衰竭。少数患者出现血尿素氮、血肌酐升高。
　　两性霉素B
　　肾毒性发生率较高，与剂量和疗程相关。毒性在较低剂量下就能出现，累积剂量达4克时，其毒性发生率可达80%。肾毒性可通过停药控制，停药后多数患者的肾小管功能和肾小球滤过率都得到恢复，但有些病例的损害是不可逆的。
　　喹诺酮类
　　对泌尿系统的不良反应为肾毒性，引起结晶尿、血尿、血尿素氮升高，可发生肾炎、急性肾衰竭。
　　头孢菌素类
　　可引起肾损害。绝大多数头孢菌素由肾排泄，偶可致血尿素氮、血肌酐升高，少尿、蛋白尿等。头孢噻啶的肾损害最显著，头孢拉定可引起血尿、结晶尿，刺激尿道出血，少则数分钟或数小时，多则数日，尤其以静注给药为甚，其中儿童占多半数。