家蚕质型多角体病毒基因组片段1中的假定重叠基因检测

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生物信息学分析结果显示家蚕质型多角体病毒(BmCPV)基因组S1片段中含有一个假定的重叠基因ORFX.为了检测该重叠基因ORFX是否在RNA和蛋白质水平有相应的表达产物,用大肠杆菌表达的重组ORFX蛋白制备多克隆抗体,对感染BmCPV的家蚕中肠后部组织进行Western blotting和免疫组化检测,结果在感染BmCPV第1~7天的家蚕中肠组织中没有检测到假定的ORFX蛋白.进一步基于假定重叠基因ORFX区域及其下游序列设计定量检测ORFX基因和S1片段转录本RNA总水平的引物RECPV-1/RECPV-2,以及定量检测S1片段转录本RNA水平的引物RECPV-3/RECPV-4,用引物Oligo(dT)/RECPV-2和Oligo (dT)/RECPV-4的反转录产物作为模板,对感染BmCPV的家蚕中肠组织中的S1片段转录本和假定的ORFX转录本进行定量PCR检测,结果在感染BmCPV第5~7天的中肠组织中均没有检测到假定的ORFX转录本.由此表明,BmCPV基因组S1片段中可能不存在假定的ORFX重叠基因.
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