【摘 要】
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本研究利用Illumina HiseqTM 4000测序平台对柚木(Tectona grandis L.F.)边材组织进行转录组测序,获得39.65 Gb的数据.拼接组装共得到90 843个Unigene,平均长度、N50以及GC含
【机 构】
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中国林业科学研究院热带林业研究所,广州,510520
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本研究利用Illumina HiseqTM 4000测序平台对柚木(Tectona grandis L.F.)边材组织进行转录组测序,获得39.65 Gb的数据.拼接组装共得到90 843个Unigene,平均长度、N50以及GC含量分别为1 415 bp,2208bp和41.28％.将获得的Unigene与七大功能数据库进行比对,分别有64416 (NR: 70.91％)、69 281 (NT:76.26％)、28 777 (COG: 31.68％)、18 630 (GO: 20.51％)、49 594 (KEGG: 54.59％)、44 707 (Swissprot: 49.21％)以及50 938 (Interpro: 56.07％)个Unigene获得功能注释.经过GO数据库的比对分析,18 630个Unigene被注释到生物过程、细胞组分和分子功能3大类别55个亚类.与COG数据库进行比对分析,28 777个注释Unigene按功能被划分为25类.基于KEGG数据库,44 595个Unigene序列注释到6大类,21个亚类代谢通路中.根据注释结果预测出2 772个编码转录因子的Unigene,检测出26 773个SSR位点,以及39 856个SNP位点.本研究为柚木分子育种工作的开展提供数据和参考.
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