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多年来，棉花所共承担国家、省、市各级各类研究课题40余项，现承担国家和省市在研项目11项，其中包括国家棉花产业技术体系“海河综合试验站”、国家重大转基因专项“早熟棉新品种培育”、国家863计划“高产抗病虫棉花新品种培育”、河北省现代农业产业技术体系“棉田复种新品种选育”、河北省科技支撑计划“适宜麦后直播的新品种选育”等项目。