明确辽河干流生物完整性时空动态变化及影响因素，可为干流生物完整性恢复提供数据支撑。基于河流生物完整性内涵，从食物网复杂性和生物保有指数2个方面构建生物完整性评价体系，利用层次分析法确定各指标权重，利用综合指数法对辽河干流进行生物完整性评价。通过对比2012年与2015年评价结果发现，2015年辽河干流生物完整性总体评价为“差”，其中食物网复杂性总体评价为“良”，生物保有指数总体评价为“差”。与2012年相比，2015年辽河干流生物完整性有所好转但改善不显著，其中食物网复杂性有明显改善的点位共计13个，占评价区域的76.47%；生物保有指数有所提升，但除福德店外均不显著。对比2012年与2015年营养链和物种丰度结果，2015年营养链与物种丰度明显高于2012年，说明辽河干流食物网络复杂度增加，生物完整性有所提高。结合辽河干流食物网变化情况，得出影响辽河干流生物完整性的主要因素为生物保有率降低导致高营养级物种缺失和营养链的断裂。