目的探讨应用实时荧光RT-PCR法检测手足口病患儿病原体肠道病毒71型(EV71)与柯萨奇病毒A组16型(CA16)的诊断价值以及其临床意义。方法采集自2015年1月以来该院收治的明确诊断为手足口病患儿的粪便标本共150份,从中提取病毒RNA采取实时荧光RT-PCR法进行肠道病毒通用型(EV)、EV71和CA16检测,并根据检测结果对比分析两种不同类型的病原体感染致手足口病患儿的临床特征及治疗转归差异。结果肠道病毒通用型(EV)阳性的标本共有141份,检出率为94.00%;EV71(+)的标本共有89份,检出率为59.33%;CA16(+)的标本共有19份,检出率为12.67%。EV71或(和)CA16(+)的标本,其EV检测均亦是阳性。该结果与云南省疾病预防控制中心复检报告完全一致。89例EV71(+)患儿与19例CA16(+)患儿的年龄、细胞、体温、发热率、手足部皮疹率、WBC、ALT、AST、BUN、Scr、X线双肺纹理增粗发生率、肺部啰音发生率、心动过速发生率、治疗后体温恢复时间、住院时间差异均不具有统计学意义(P>0.05)。结论不同病原体感染类型手足口病患儿的临床表现特异性不明显,起病早期对手足口病患儿的粪便进行检测可鉴别诊断病原体感染类型,有助于治疗方案的制定。