为研究产乙醇基因工程集胞藻培养液中的乙醇消耗菌污染情况及其对乙醇产量的影响，从污染的培养液中分离出4株乙醇消耗菌，通过16S rDNA、26S rDNA序列分析对分离出的菌株进行鉴定，并研究其乙醇消耗能力及对基因工程集胞藻乙醇产量的影响。结果表明，分离出的4株菌分别为红酵母(Rhodotorula sp.)、季也蒙酵母(Meyerozyma guilliermondii)、短波单胞菌(Brevundimonas sp.)、微杆菌(Microbacterium sp.)。其中乙醇消耗能力最强的是红酵母，乙醇比消耗速率达到391 g/(1015 cfu?d)；其次为季也蒙酵母，乙醇比消耗速率为80.1 g/(1015 cfu?d)；短波单胞菌和微杆菌的乙醇比消耗速率远低于红酵母和季也蒙酵母。将分离出的菌株与产乙醇集胞藻共培养7d 后，污染红酵母、季也蒙酵母、短波单胞菌、微杆菌的实验组乙醇产量分别下降了53.8%、23.6%、40.7%、27.3%。4株菌对基因工程集胞藻的生长无明显影响，均通过直接消耗乙醇而降低集胞藻的乙醇产量。