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鞭毛虫和纤毛虫在海洋微食物环和经典食物链间的能量流动中起着重要的枢纽作用，但其在水母暴发过程中的作用仍然不明。本研究基于2011年春季以及水母旺发的夏季黄海专项航次，通过荧光染色技术和定量蛋白银法研究了南黄海水母频发海域3个断面（E：33°N，G：34°N，1：35°N）的鞭毛虫和纤毛虫的群落结构和时空分布特点，对其与水母的发生关系进行了初步探讨。结果表明，春夏两季的微型鞭毛虫丰度均以近岸水域为最高，向外海递减，高值区大多出现在水体表层及底层附近。夏季总微型鞭毛虫的丰度和生物