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目的：研究绍兴市2012-2013年手足口病患者的肠道病毒71型（EV 71）病毒分离株的基因特征。方法采集手足口病患者粪便、疱疹液和咽拭子标本，采用逆转录聚合酶链反应（RT-PCR）特异性扩增进行EV 71鉴定，阳性的样本进行病毒分离，对10株分离株分A、B、C、D和E 五段进行分段PCR，测序后并拼接成全长，以EV 71 A、B和C各基因型的参考毒株和以往中国EV 71的分离毒株为参考株，基于核苷酸序列和氨基酸序列对VP1区分别进行同源性分析和系统发生树构建。结果 RT-PCR结果证实分离的10株病毒均为EV 71，与C4a亚型亲缘关系最近，它们之间核苷酸和氨基酸同源性分别为95.06％～97.87％和93.60％～98.99％；与亲缘关系最远的参考毒株Cox A16的核苷酸和氨基酸同源性分别为61.17％～62.74％和68.00％～71.38％。在系统发生树上，这10株EV 71均在C基因型中，与属C4a亚型的病毒株属同一分支。结论绍兴地区手足口病患者中分离的EV 71毒株属C基因型的C4a亚型进化分支。