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为探究山羊源枝睾阔盘吸虫的种内遗传变异和系统发育关系,对采集自四川省凉山州9个样品的18S rRNA基因部分序列进行PCR扩增、序列测定及分析,并构建种系发育树。测序结果显示,所测得的9个山羊源枝睾阔盘吸虫18S rRNA基因部分序列长度均为1758 bp,核苷酸同源性为99.9%～100%,共检测到3个单倍型、5个变异位点。系统发育树显示山羊源枝睾阔盘吸虫凉山州分离株与瘤牛源枝睾阔盘吸虫孟加拉共和国分离株聚在同一小支上,且与胰阔盘吸虫、腔阔盘吸虫亲缘关系最近,能与其他吸虫相鉴别。本研究结果为枝睾阔盘吸虫病的诊断、分子流行病学调查和枝睾阔盘吸虫种群遗传的进一步研究奠定了基础。