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豆芽问题与其说是食品安全问题，倒不如说是监管部门之间推诿扯皮的老大难问题。卫生部门一直主张调整豆芽生产的主管单位，想划归给农业部。2004年，原卫生部给北京市卫生局的复函（卫监督发[2004]212号）中明确，“豆芽的制发属于种植生产过程，不属于《中华人民共和国食品卫生法》调整的食品生产经营活动。”