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尽管生物技术产业建立了一整套研制和生产重组蛋白治疗药物的办法,但一些成熟的制药公司仍对这些药物感到困难。重组蛋白很难纯化,必须仔细加工处理。制药公司更喜欢小型合成分子或抗体,因它们是目前产业界的主力。美国正在商品化重组蛋白,他们希望利用分子生物学方法来研制小分子而不是蛋白质。生理活性蛋白短片或片段衍生物是克服蛋白产品问题的一个途径。另一个途径是利用分子生物学研究决定蛋白质或其它组织如何在体内行使作用,以便设计一小分子阻碍或控制这种反应。这是许多公司从事研究抗病毒、树脂抑制