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分子生物学工具已经用来在种、基因型、基因亚型水平上检测和区分感染的隐孢子虫，也越来越多地用于人畜隐孢子虫传播特性的研究。分子流行病学研究结果有助于人们更好理解不同动物间隐孢子虫株、基因型在公共卫生上的重要性，提高人隐孢子虫感染来源的认识。除传染源、传播途径因素外，地理环境、季节、社会经济的不同也会影响隐孢子虫的分布。发展中国家人微小隐孢子虫的传播主要是人与人之间的传播途径，而发达国家主要是人畜共患传播途径。隐孢子虫种和人隐孢子虫亚型家族具有潜在性不同的感染能力和引起不同的临床症状。在流行病学研究中广泛使用