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目前，中国增值税税制改革已经拉开序幕，“金税工程”二期也已经全面开通，手写版增值税专用发票已经停止开具和抵扣。
2005年，犯罪分子将实施犯罪的目标逐渐转移到虚开可以抵扣税款的其他专用发票上，其中虚开货物运输发票进行偷税和抵扣税款的情况尤为突出。假发票、虚开发票数目惊人，危害严重。
根据这种情况，国家税务总局发出了《关于加强货物运输业税收管理及运输发票增值税抵扣管理的公告》，对货物运输业的税收秩序进行整顿，以加强货物运输业营业税税收管理，规范货物运输业发票增值税抵扣。全国各地加大了稽查力度，对制造假发票、虚开货物运输业发票、偷逃税款的行为给予了严厉打击。
根据前段的检查情况看，虚开发票的情况主要有两个大的方面：一是取得假发票或取得虚开的发票；二是贩卖假发票或开出的虚开发票。
取得假发票或取得虚开发票
2005年，北京陆裕通运输有限公司虚开联运发票的事件，使得具备联运资格的物流企业纷纷触礁。据悉，该案牵涉到了为数众多的物流企业，也不乏一些业内较为知名的“老字号”物流企业。这种情况不仅偷逃了营业税税款，而且偷逃了增值税税款。
根据不完全统计数字表明，目前，国内大多数的物流企业都同时经营仓储和运输业务，其中二者在收入中所占的比例大致是3:7。绝大多数的物流企业在运输环节主要分为两个部分——近距离运输主要是由自己的车辆进行运作；而长途运输则一般是由供应商负责相关的运作。根据税法规定，物流企业经营联运业务，以其实际取得的收入为营业额，他们所要交纳的营业税，就是总收入扣除付给联运企业（供应商）的价款后的3%。供应商的价款是依靠供应商提供合乎手续的发票进行确认的，而不是经营联运业务的物流企业或者物流供应商。其营业税就得按照收入总额的3%进行交纳。正是因为有了这样的政策，这些物流企业经营联运业务的时候，他们往往采取购买发票的做法进行偷税。值得注意的是，他们所购买的发票都是真正的发票，只不过，提供发票的这家企业采取的是虚开发票的做法而已。这家提供发票的企业一般是以定期、定额的方式交纳税款。在利益的驱使下，发生大规模虚开发票的事情也就在所难免了。
为什么那些物流企业经营联运业务时，在和供应商结算的过程中会接受不是对方开具的发票呢？由于物流企业所选择的供应商，尤其是长途运输的供应商在某些干线运输的资源上享有较大的运作优势。在结算过程中，只要能够提供合乎手续的正规发票，这些物流企业的结算部门往往也只能“睁只眼，闭只眼”了，长此以往也就约定俗成了。供应商提供优势的运作资源，物流企业就按照既定的合同与之进行结算。而其供应商则为了能够不交税（偷逃税款），向一些定期、定额纳税企业以偏低的价格购买运输发票。最终，一些敢于冒险的定期、定额纳税企业就以虚开发票作为牟利的主要手段……这就构成了物流企业虚开运输发票的“价值链”。
值得注意的是，由此牵连出的，以供应商提供的虚开发票进行抵扣进项税额的企业往往也会受到一些牵连，但有关的供应商对此也大都愿意支付相关的费用，以弥补抵扣进项税额企业的损失而相安无事。但在下次结算时，供应商提交的发票依然不是他们自己的发票。
贩卖假发票或虚开发票
这种在税收大检查中发现的偷逃税现象十分惊人，如南京地税曝光十大典型税案就属于贩卖假发票或开出的虚开发票的大案。南京市地税局公布了2004年度全市“十起典型地方税收案件”，其中南京兴伦运输有限责任公司发票违法案名列榜首，虚开抵扣税款运输专用发票。据悉，一些货运企业依然利用骗取的代开票纳税人资格和骗购的货运发票、运输代理发票、联运发票，对外开具，牟取非法暴利。例如，2003年8月才成立的南京兴伦运输有限责任公司只有一辆平板车，却在短短的半年时间里就骗取购领并开具货运、联运、代理等3种发票数百本，开票金额达3.03亿元。同时其用来抵减营业收入的货物运输发票频繁出现联号，且数额巨大，可其交纳的地方个税却仅有十几万元。南京市地税局稽查局和南京市公安局经侦支队联合专案组共同努力，协同作战，一举查获了南京兴伦运输有限责任公司特大虚开抵扣税款专用发票案，没收该公司非法所得680.5万元。
此外，还有能设立账簿而不设立账簿，能健全核算账册而不健全核算账册，或者不按财务规定保管账簿、凭证。例如:秦鹏装饰工程有限公司不仅存在少申报营业收入、未按期核算收入、未按期核算成本等问题，而且未按财务规定保管账簿、凭证等，造成2000年账簿、凭证遗失，致使税务机关无法查实2000年的成本、费用等，只能通过发票金额核算其经营收入。
还有主观故意隐瞒收入或少报税收。被曝光的10户企业中有9家都存在主观故意隐瞒收入、隐瞒经营情况或少报税收等问题。其中最典型的要数南京宏图建筑安装集团有限公司。税务人员在检查时发现，这家正常经营的企业在2003年却没有纳税记录。深入检查后发现，该企业2002年度通过采用虚假纳税申报的手段，少申报营业税应税收入173 496.33元，少申报企业所得税应税收入51 296.8元，造成少交税款合计22万余元。值得注意的是，在10户被曝光的企业中，有一户企业叫江宁区谷里第二建筑工程有限公司，补税额为12.99万元。据地税部门稽查记录反映，该企业造成偷税并非主观故意，但是由于种种原因，企业财务管理比较混乱，建筑成本不能按具体工程项目划分及分摊，出现成本倒挂现象，最终在客观上造成少交企业所得税的事实。税务部门确定将该企业的企业所得税交纳，由汇算清缴征收办法改为核定征收办法。
国家税务机关的有力举措
为了维护正常的税收秩序和税法的严肃性，国家税务总局针对货物运输业出现的虚开发票的问题，发布了《货物运输业营业税征收管理试行办法》、《运输发票增值税抵扣管理试行办法》和《货物运输业营业税纳税人认定和年审试行办法》并公告如下：
从2003年11月1日起，公路、内河货物运输业（以下简称货物运输业）发票的印制、领购、开具、取得、保管、缴销均由地方税务局管理和监督。凡已委托给其他部门管理的，必须依法收回。
国家税务局将对增值税一般纳税人申请抵扣的所有运输发票，与营业税纳税人开具的货物运输业发票进行比对。凡比对不符的，一律不予抵扣。对异常情况进行核查，并对违反有关法律法规开具或取得货物运输业发票的单位进行处罚。
经地方税务局认定的自开票纳税人，在申报交纳营业税时，应向主管地方税务局报送《自开票纳税人货物运输发票清单》纸制文件和电子信息。增值税一般纳税人在申报抵扣2003年11月1日起取得的运输发票增值税进项税额时，应向主管国家税务局填报《增值税运输发票抵扣清单》纸制文件及电子信息，未报送的其进项税额不得抵扣。对《自开票纳税人货物运输发票清单》、《增值税运输发票抵扣清单》的电子信息采集软件，由国家税务总局统一开发，并免费提供使用。纳税人可从国家税务总局网站下载。
纳税人取得的2003年10月31日以后开具的运输发票，应当自开票之日起90天内向主管国家税务局申报抵扣，超过90天的不得予以抵扣。纳税人取得的2003年10月31日以前开具的运输发票，必须在2004年1月31日前抵扣完毕，逾期不再抵扣。纳税人办理时，应附抵扣发票清单。
国家税务总局全面的、科学的、现代化管理手段加强了对货物运输业的税收管理。特别是纳税人取得的所有需抵扣增值税进项税额的运输发票，要在90天以内抵扣完毕，并填写《增值税运输发票抵扣清单》。在进行增值税纳税申报时，该清单和规定的申报资料一同报送国税部门。地税部门、国税部门汇总和采集货物运输发票信息、增值税运输发票抵扣信息。发票的信息将在省内和跨省进行两级比对，省级国税局每月进行本省发票的比对，国家税务总局每月进行全国发票信息的比对，如有不符将交由稽查处理。解决了由税制自身缺陷引起的偷逃税款问题。
2005年，犯罪分子将实施犯罪的目标逐渐转移到虚开可以抵扣税款的其他专用发票上，其中虚开货物运输发票进行偷税和抵扣税款的情况尤为突出。假发票、虚开发票数目惊人，危害严重。
根据这种情况，国家税务总局发出了《关于加强货物运输业税收管理及运输发票增值税抵扣管理的公告》，对货物运输业的税收秩序进行整顿，以加强货物运输业营业税税收管理，规范货物运输业发票增值税抵扣。全国各地加大了稽查力度，对制造假发票、虚开货物运输业发票、偷逃税款的行为给予了严厉打击。
根据前段的检查情况看，虚开发票的情况主要有两个大的方面：一是取得假发票或取得虚开的发票；二是贩卖假发票或开出的虚开发票。
取得假发票或取得虚开发票
2005年，北京陆裕通运输有限公司虚开联运发票的事件，使得具备联运资格的物流企业纷纷触礁。据悉，该案牵涉到了为数众多的物流企业，也不乏一些业内较为知名的“老字号”物流企业。这种情况不仅偷逃了营业税税款，而且偷逃了增值税税款。
根据不完全统计数字表明，目前，国内大多数的物流企业都同时经营仓储和运输业务，其中二者在收入中所占的比例大致是3:7。绝大多数的物流企业在运输环节主要分为两个部分——近距离运输主要是由自己的车辆进行运作；而长途运输则一般是由供应商负责相关的运作。根据税法规定，物流企业经营联运业务，以其实际取得的收入为营业额，他们所要交纳的营业税，就是总收入扣除付给联运企业（供应商）的价款后的3%。供应商的价款是依靠供应商提供合乎手续的发票进行确认的，而不是经营联运业务的物流企业或者物流供应商。其营业税就得按照收入总额的3%进行交纳。正是因为有了这样的政策，这些物流企业经营联运业务的时候，他们往往采取购买发票的做法进行偷税。值得注意的是，他们所购买的发票都是真正的发票，只不过，提供发票的这家企业采取的是虚开发票的做法而已。这家提供发票的企业一般是以定期、定额的方式交纳税款。在利益的驱使下，发生大规模虚开发票的事情也就在所难免了。
为什么那些物流企业经营联运业务时，在和供应商结算的过程中会接受不是对方开具的发票呢？由于物流企业所选择的供应商，尤其是长途运输的供应商在某些干线运输的资源上享有较大的运作优势。在结算过程中，只要能够提供合乎手续的正规发票，这些物流企业的结算部门往往也只能“睁只眼，闭只眼”了，长此以往也就约定俗成了。供应商提供优势的运作资源，物流企业就按照既定的合同与之进行结算。而其供应商则为了能够不交税（偷逃税款），向一些定期、定额纳税企业以偏低的价格购买运输发票。最终，一些敢于冒险的定期、定额纳税企业就以虚开发票作为牟利的主要手段……这就构成了物流企业虚开运输发票的“价值链”。
值得注意的是，由此牵连出的，以供应商提供的虚开发票进行抵扣进项税额的企业往往也会受到一些牵连，但有关的供应商对此也大都愿意支付相关的费用，以弥补抵扣进项税额企业的损失而相安无事。但在下次结算时，供应商提交的发票依然不是他们自己的发票。
贩卖假发票或虚开发票
这种在税收大检查中发现的偷逃税现象十分惊人，如南京地税曝光十大典型税案就属于贩卖假发票或开出的虚开发票的大案。南京市地税局公布了2004年度全市“十起典型地方税收案件”，其中南京兴伦运输有限责任公司发票违法案名列榜首，虚开抵扣税款运输专用发票。据悉，一些货运企业依然利用骗取的代开票纳税人资格和骗购的货运发票、运输代理发票、联运发票，对外开具，牟取非法暴利。例如，2003年8月才成立的南京兴伦运输有限责任公司只有一辆平板车，却在短短的半年时间里就骗取购领并开具货运、联运、代理等3种发票数百本，开票金额达3.03亿元。同时其用来抵减营业收入的货物运输发票频繁出现联号，且数额巨大，可其交纳的地方个税却仅有十几万元。南京市地税局稽查局和南京市公安局经侦支队联合专案组共同努力，协同作战，一举查获了南京兴伦运输有限责任公司特大虚开抵扣税款专用发票案，没收该公司非法所得680.5万元。
此外，还有能设立账簿而不设立账簿，能健全核算账册而不健全核算账册，或者不按财务规定保管账簿、凭证。例如:秦鹏装饰工程有限公司不仅存在少申报营业收入、未按期核算收入、未按期核算成本等问题，而且未按财务规定保管账簿、凭证等，造成2000年账簿、凭证遗失，致使税务机关无法查实2000年的成本、费用等，只能通过发票金额核算其经营收入。
还有主观故意隐瞒收入或少报税收。被曝光的10户企业中有9家都存在主观故意隐瞒收入、隐瞒经营情况或少报税收等问题。其中最典型的要数南京宏图建筑安装集团有限公司。税务人员在检查时发现，这家正常经营的企业在2003年却没有纳税记录。深入检查后发现，该企业2002年度通过采用虚假纳税申报的手段，少申报营业税应税收入173 496.33元，少申报企业所得税应税收入51 296.8元，造成少交税款合计22万余元。值得注意的是，在10户被曝光的企业中，有一户企业叫江宁区谷里第二建筑工程有限公司，补税额为12.99万元。据地税部门稽查记录反映，该企业造成偷税并非主观故意，但是由于种种原因，企业财务管理比较混乱，建筑成本不能按具体工程项目划分及分摊，出现成本倒挂现象，最终在客观上造成少交企业所得税的事实。税务部门确定将该企业的企业所得税交纳，由汇算清缴征收办法改为核定征收办法。
国家税务机关的有力举措
为了维护正常的税收秩序和税法的严肃性，国家税务总局针对货物运输业出现的虚开发票的问题，发布了《货物运输业营业税征收管理试行办法》、《运输发票增值税抵扣管理试行办法》和《货物运输业营业税纳税人认定和年审试行办法》并公告如下：
从2003年11月1日起，公路、内河货物运输业（以下简称货物运输业）发票的印制、领购、开具、取得、保管、缴销均由地方税务局管理和监督。凡已委托给其他部门管理的，必须依法收回。
国家税务局将对增值税一般纳税人申请抵扣的所有运输发票，与营业税纳税人开具的货物运输业发票进行比对。凡比对不符的，一律不予抵扣。对异常情况进行核查，并对违反有关法律法规开具或取得货物运输业发票的单位进行处罚。
经地方税务局认定的自开票纳税人，在申报交纳营业税时，应向主管地方税务局报送《自开票纳税人货物运输发票清单》纸制文件和电子信息。增值税一般纳税人在申报抵扣2003年11月1日起取得的运输发票增值税进项税额时，应向主管国家税务局填报《增值税运输发票抵扣清单》纸制文件及电子信息，未报送的其进项税额不得抵扣。对《自开票纳税人货物运输发票清单》、《增值税运输发票抵扣清单》的电子信息采集软件，由国家税务总局统一开发，并免费提供使用。纳税人可从国家税务总局网站下载。
纳税人取得的2003年10月31日以后开具的运输发票，应当自开票之日起90天内向主管国家税务局申报抵扣，超过90天的不得予以抵扣。纳税人取得的2003年10月31日以前开具的运输发票，必须在2004年1月31日前抵扣完毕，逾期不再抵扣。纳税人办理时，应附抵扣发票清单。
国家税务总局全面的、科学的、现代化管理手段加强了对货物运输业的税收管理。特别是纳税人取得的所有需抵扣增值税进项税额的运输发票，要在90天以内抵扣完毕，并填写《增值税运输发票抵扣清单》。在进行增值税纳税申报时，该清单和规定的申报资料一同报送国税部门。地税部门、国税部门汇总和采集货物运输发票信息、增值税运输发票抵扣信息。发票的信息将在省内和跨省进行两级比对，省级国税局每月进行本省发票的比对，国家税务总局每月进行全国发票信息的比对，如有不符将交由稽查处理。解决了由税制自身缺陷引起的偷逃税款问题。