1903年6月底，上海租界工部局与清政府达成交易，派人闯进苏报馆，逮捕章太炎、邹容等人，查封《苏报》馆。当时蔡元培在青岛，侥幸免遭牵连。
　　 “苏报案”粉碎了蔡元培对清政府的最后幻想。1903年12月，蔡元培等创办《俄事警闻》，次年2月改为《警钟日报》，以“抵御外侮、恢复国权”为宗旨，揭露沙俄侵华活动，抨击清廷外交腐败。报纸使用清朝年号，代以干支记日，附注西历，以示对清政府蔑视。蔡元培还在报上发表小说《新年梦》，讽喻清政府是受列强使唤的“牵犬马的绳子，宰牛羊的刀子”，号召人民起来推翻清统治。《警钟》还大量译述、介绍俄国虚无党的历史，宣传革命者“惟以破坏为目的”，“为国人种下革命思想”。
　　 此时，南方革命党人谋划武装暴动，反清革命进入活跃期。蔡元培深受俄国虚无党的影响，成立秘密反清组织光复会，亲自参与暗杀和暴动活动。他在《我在教育界的经验》中说：“自三十六岁以后，我已决意参加革命工作。觉得革命只有两途：一是暴动，一是暗杀。在爱国学社中竭力助成军事训练，算是预备下暴动的种子;又以暗杀于女子更为相宜，于爱国女学，预备下暗杀的种子。”他参加由东京留日学生成立的暗杀团，吸收懂化学的人入团，先是配制一种液体毒药，用猫作试验，效果非常好。后又觉得改成固体粉末更好，于是开展这方面研究。不久，觉得还是用炸药痛快一些，随即带领研制小组日夜攻关，终于自制了一种威力大、体积小的炸药。
　　 1904年底，蔡元培发起成立光复会，以“光复汉室，还我河山，以身许国，功成身退”为宗旨，以暗杀、暴动为革命手段。作为光复会会长，蔡元培积极促成浙东两派革命党首领徐锡麟、陶成章结交，加强浙江各地会党的联合。1905年夏，孙中山在东京成立统一的革命政党中国同盟会。蔡元培认为“欲救亡，舍革命无他道”，但革命需要有统一的组织，否则“力不集，事不成”，加上他认同孙中山“驱除鞑虏，恢复中华，创立民国，平均地权”的政治纲领，于是毅然将光复会纳入同盟会领导下，担任同盟会上海分会负责人。？笪摘自《党史纵横》