（2）总包方向分包方收取的违约金或分包方向总包方收取的违约金是否要缴纳增值税。为了规范和约束总分包之间的权利和义务，总分包合同往往有违约金条款。这种违约金要不要申报缴纳增值税，要从两方面来分析。
　　第一，因分包方没有按照安全作业的规范要求进行施工，总包方必须向分包方收取安全作业违约金，不需要申报缴纳增值税，也不需要向分包方开具发票。
　　财政部、国家税务总局《关于全面推开营业税改征增值税试点的通知》（财税[2016]36号）（以下简称“财税[2016]36号”）附件1：《营业税改征增值税试点实施办法》（以下简称“附件1”）第一条规定：“ 在中华人民共和国境内（以下称境内）销售服务、无形资产或者不动产（以下称“应税行为”）的单位和个人，为增值税纳税人，应当按照本办法缴纳增值税”。在总分合同之间，总包方是建筑劳务的接受方，分包方是建筑劳务的提供方，因此，总包方必须向分包方收取安全作业违约金，不需要申报缴纳增值税。
　　那么，为什么又不需要向分包方开发票呢？因为，总包方收取分包方的违约金不申报缴纳增值税，根据《发票管理办法》的规定，不需要开发票。只要总包方给分包方开收据和总分包间的分包合同中的违约条款，分包方可以在企业所得税前进行扣除支付给总包方的违约金。
　　第二，因总包方违约，分包方向总包方收取的违约金要申报缴纳增值增值税。附件1第三十七条规定， 销售额，是指纳税人发生应税行为取得的全部价款和价外费用，财政部和国家税务总局另有规定的除外。价外费用，是指价外收取的各种性质的收费，但不包括以下项目：（1）代为收取并符合本办法第十条规定的政府性基金或者行政事业性收费。（2）以委托方名义开具发票代委托方收取的款项。
　　基于以上规定，分包方向总包方收取的违约金是分包人向总包结算工程款时收取工程款的价外费用，需要申报缴纳增值税，并向总包开具建筑服务业的增值税发票。
　　（3）总包方统一购买建筑材料由分包方领用的税务风险。为了节约成本，保证工程质量，总包方在包工包料的情况下，工程中的主要建筑材料或主体建材都是由总包方统一购买，辅料由分包方自己采购。在这种情况下，总分包签定的总分包合同中，合同中会确定总包方发给分包方使用的主要建筑材料的数量、型号和种类，在与分包进行工程结算时，总包方会在工程款中扣下总包发给分包使用或分包领用的建筑材料款。
　　总分包之间的材料领用的税务风险主要体现为以下三方面。
　　一是分包方从总包方领用的建筑材料是由总包方采购的，并且含在总分包合同中和总包方与分包的工程决算价中，分包方没有按照决算价给予总包开具建筑服务业增值税发票而是只针对劳务部分给总包方开具11%税率的增值税发票，结果少申报缴纳了增值税，构成漏税的风险。
　　二是分包方将从总包方领用材料的行为看成是“甲供材”，从而依据财税[2016]36号附件2：《营业税改征增值税试点有关事项的规定》第一条第（七）第2款“一般纳税人为甲供工程提供的建筑服务，可以选择适用简易计税方法计税”的规定，选择简易计税方法，给总包方开具3%税率而不是11%的增值税发票，从而导致的漏税行为。
　　三是分包方领用总包方购买的建筑材料从而出现两种增加材料成本的现象：一是分包方从总包方领用的建筑材料，用于销售变现现金，然后用变现的现金去购买劣质建筑材料，而影响工程质量，从中赚取差价；二是分包方以工地上建筑材料被偷为由，从而将从总包方领用的建筑材料销售变现现金，然后又要求总包方购买材料用于分包方使用。
　　在税务管控中，任何企业必须遵循“三价统一”原理：合同价、发票价（发票上的金额）和决算价必须统一。实践中，决算价必须等于发票价，否则企业一定存在漏税。有鉴于此，总包方购买并交付给分包方施工使用的建筑材料，含在总包方与分包方工程决算价里，不够在支付给分包方工程时进行扣除，分包方依据决算价等于发票价的原理，必须向总包方开具11%的增值税发票。另外，所谓的“甲供材”是指建设方与总包方之间的一种建设方购买材料给总包方施工使用的行为，不包括总包方购买材料给分包方使用的行为。因此，总包方采购建筑材料交付分包人使用的行为，不可以套用“甲供材”可以选择简易计税的增值税优惠政策。