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针对指挥自动化系统效能评估问题，在给出功效系数定义的基础上，提出了一种新的评价方法——功效系数层次递归合成算法。该算法利用向量相似度建立系统能力与任务使命之间的联系，分层递归地求取了系统效能。在效能求取过程中对指标向量和使命向量进行了功效匹配，可实时对指标进行优劣分析，及时有效地发现系统的薄弱环节，并求取劣势指标对系统整体效能的影响程度，从而实现了效能评价与指标分析的有机结合。详细地给出了方法的实现步骤，通过算例验证了此方法的有效性和实用性，为指挥自动化系统的效能评估提供了一种新途径。