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农业生态效率是按照定量化的方式反映区域农业发展可持续发展水平,可以作为决策者制定政策的一个抓手.利用基于机会成本的经济核算方法对我国2003-2010年的农业生态效率进行总体分析与评价,并利用回归模型分析农业生态效率的影响因素.结果表明:我国农业生态效率总体水平比较低,但呈逐年好转的趋势,其中劳动力资源和COD环境要素在不同时期对生态价值增长起到关键性作用;农业生态效率空间分布特征显著,秦岭-淮河以北的省市区和传统粮食主产区的农业生态效率相对较低;区域资源环境禀赋条件有助于农业生态效率的提高,但是农资投入和农业政策支持与农业生态效率呈显著负相关,未来进一步提升农业生产资源与环境要素合理配置是保障农业生产可持续的必然选择.