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马铃薯淀粉加工副产物主要包括分离汁水和薯渣，分离汁水含有丰富的蛋白质，薯渣含有丰富的淀粉、纤维素、半纤维素和果胶等。从马铃薯淀粉加工分离汁水回收蛋白具有十分重要的意义，国外已经实现饲料级马铃薯蛋白回收的产业化，国内中国科学院兰州化学物理研究所开发了国内第一套完整的从马铃薯淀粉加工分离汁水中回收饲料级蛋白的技术。目前，国内外回收具有天然活性的食品级/药品级马铃薯蛋白尚处于研究阶段，扩张床吸附技术是一种比较有产业化应用前景的技术。薯渣可用于制备膳食纤维、提取果胶，以及通过微生物发酵制备燃料酒精、氢气、乳酸、聚丁烯、果糖、普鲁蓝糖等发酵产品，也可以利用薯渣+分离汁水配合其他营养物质发酵生产单细胞蛋白饲料，利用木霉发酵马铃薯渣生产木聚糖酶、羧甲基纤维素酶等。