目的分析单种属———紫苏属各变种间rDNA ITS区的序列以及存在的单核苷酸多态性(SNP)现象,设计出位点特异性PCR引物,用于紫苏属各变种间的分子标记鉴别。方法对紫苏属各变种多个体的rDNA ITS区全序列进行了准确测定,运用C lustral X 1.8,MEGA 3.0进行排序并进行SNP分析,从而设计出鉴别各变种的等位基因位点特异性PCR鉴别引物。结果紫苏属各变种(紫苏、白苏、鸡冠苏和耳齿紫苏等)的rDNA ITS区全序列共有615~618 bp的长度,ITS1为233~235 bp,5.8S为179 bp,ITS2为203~204 bp,GC含量为61.5%~61.9%。从rDNA ITS区碱基变异的整体情况来看,紫苏属各变种间不仅在非编码的转录间隔区ITS1和ITS2内存在非编码区单核苷酸多态性(ncSNP),而且在保守的5.8S编码区内也存在3个位点的单核苷酸多态性,即编码区SNP(cSNP),所有的SNP均只具2等位多态性。5.8S区cSNP的出现与产生该变异的变种出现的显著形态差异关联。本文还利用这些SNP位点设计出了鉴别紫苏属各变种的位点特异性PCR引物,无需测序即可对紫苏属的原植物及“苏子”、“苏叶”等药材进行有效准确的分子鉴别。结论紫苏属药用植物rDNA ITS区存在的SNP可用作紫苏属各变种鉴别的分子标记。