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临沧锗矿床是一产于第三系含煤岩系中的超大型矿床。矿床的最初锗源与盆地西缘的二云母花岗岩有关。主矿体产于下煤组沉积旋回的早期地层中，每一沉积阶段早期形成的褐煤和碳质泥岩中富含锗，最高含量达１４７０ｘ１０￣（－６）。褐煤和碳质泥岩在矿化过程中平均富集了１６４－１６９倍。根据锗含量，褐煤和碳质泥岩可分为锗含量小于１２ｘ１０￣（－６）的低锗煤（泥岩）和大于９０ｘ１０￣（－６）的高锗煤（泥岩）。高锗煤中有机质富含氧官能团。同低锗煤相比，高锗煤还富含团块腐殖体、藻类体和菌类体，而缺少结构腐殖体和凝胶腐殖体。