基于Hi-c数据的酵母染色体三维结构重构

来源 :生物信息学 | 被引量 : 0次 | 上传用户：youfei741101

【摘要】

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通过染色体交互频率数据(Hi-c)来预测染色体三维空间结构是近年表观遗传研究热点。研究表明染色体三维空间结构在生物基因表达、调控等方面起到重要作用,对其进行三维重构是

【作者】

：

丰继华牟锦郭亚茹

【机构】

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云南民族大学电气信息工程学院

【出处】

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生物信息学

【发表日期】

：

2019年3期

【关键词】

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Hi-c数据三维结构梯度上升算法

【基金项目】

：

国家自然科学基金项目(No.31160234)

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通过染色体交互频率数据(Hi-c)来预测染色体三维空间结构是近年表观遗传研究热点。研究表明染色体三维空间结构在生物基因表达、调控等方面起到重要作用,对其进行三维重构是研究细胞代谢过程的基本途径。针对酵母Hi-c数据在不同染色体所呈现出的统计特征,拟合出每条染色体交互频率数据分布的数学模型,然后利用梯度上升迭代算法预测并重构其三维结构,并给出模型评估指标。实验结果表明,模型具有较高可重复性和预测精确度。

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