【摘 要】
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目的 建立一种生物信息学分析预测方法,针对通过噬菌体展示技术获得的大量短肽信息,从中筛选出所需的目的 功能蛋白. 方法 对应用噬菌体展示技术筛选脂多糖刺激的人外周血单核巨噬细胞株(THP-1)细胞获得的1263个七肽序列进行去冗余分析,结合混洗算法和随机排列检验(RPT),统计非冗余七肽序列中特定三肽的丰度及其显著性.利用Clustal W软件对包含丰度具有显著性的三肽的七肽序列进行多序列比对分析
【机 构】
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510180,广州医学院附属广州市第一人民医院麻醉科,510180,广州医学院附属广州市第一人民医院门诊部,510180,广州医学院附属广州市第一人民医院麻醉科,510180,广州医学院附属广州市第一
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目的 建立一种生物信息学分析预测方法,针对通过噬菌体展示技术获得的大量短肽信息,从中筛选出所需的目的 功能蛋白. 方法 对应用噬菌体展示技术筛选脂多糖刺激的人外周血单核巨噬细胞株(THP-1)细胞获得的1263个七肽序列进行去冗余分析,结合混洗算法和随机排列检验(RPT),统计非冗余七肽序列中特定三肽的丰度及其显著性.利用Clustal W软件对包含丰度具有显著性的三肽的七肽序列进行多序列比对分析,并根据氨基酸的性质,寻找特征性短肽,通过在线BLAST软件与SWISS-PROT蛋白序列数据库进行同源性分析,获得包含这些特征性短肽的已知蛋白,进一步应用SignalP和TMHMM软件预测其中的分泌蛋白和膜蛋白,并最终获得候选蛋白. 结果 得到TNF-α、toll样受体6(TLR-6)等炎性反应相关的细胞因子和膜蛋白及其表位模拟肽,为脓毒症等炎性反应相关疾病的研究和治疗提供依据. 结论 建立了一种生物信息学分析预测方法,该策略的建立为通过噬菌体展示技术筛选得到的短肽序列的分析提供一个全新的平台。
其他文献
说明：（1）因篇幅所限，只收录了第一作者；（2）姓名按汉语拼音字母顺序排列；（3）文题后括号内数字为期号，最后为起页。
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目的 探讨检测血清抵抗素水平用于2型糖尿病诊断的意义,并分析其与胰岛素抵抗的关系. 方法 随机收集2型糖尿病患者117例、健康对照组109例,测定其空腹血糖、空腹胰岛素和抵抗素水平.比较上述指标在糖尿病患者和健康对照人群之间的差异.分析抵抗素用于糖尿病诊断的灵敏度、特异度、正确率和ROC曲线下面积.应用Pearson直线相关分析计算抵抗素与胰岛素抵抗指数的相关性. 结果 2型糖尿病患者的血清抵抗素
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