构建森林生态补偿机制的关键问题主要有三个方面:利益相关者的界定、补偿金额的确定及补偿方式。目前存在的较大争议是森林生态效益货币化计量结果与实际补偿额度之间有巨大差异,一方面森林经营者认为补偿额远远不能满足投入需求,应以生态效益产出为补偿金额的计算依据;另一方面,森林生态效益的很大部分来自自然投入,不能以货币化的形势简单计量。森林生态补偿的国际案例表明:世界各国因森林资源产权制度不同,其森林生态补偿机制有所差异,私有林偏重于市场补偿机制,公有林则偏重于政府主导的补偿机制。森林生态补偿资金主要来自森林生态系统服务用户付费、政府代表受益方付费及国际组织捐赠;在补偿方式上,以政府投资为主,以用户付费和基于市场的认证授权交易为辅。借鉴国际经验,结合我国森林生态效益补偿现状,森林经营者是生态系统服务供给方是确定的,而森林生态系统服务获取方的确定则非常困难。因此,政府主导和第三方介入应是解决森林生态补偿资金来源和补偿的主要方式,受损方及其受损成本是森林生态补偿金额的计算依据。