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从具有猪圆环病毒病临床症状的猪体内分离到1株PCV2华南分离株，并进行了全基因组序列测定。序列分析发现PCV2ORF2的变异原因主要是点突变，但也存在连续突变和缺失／插入突变，而PCV2ORFI的变异均为点突变。变异程度很小。将此PCV2华南分离株的全基因组序列与GenBank上收录的18个PCV2毒株的全基因组序列做进化树分析，表明此PCV2华南分离株与国内PCV2分离株、欧洲株更接近，而与韩国、中国台湾、日本和美洲毒株则稍远，在基因进化树上，无法判定基因分支与地理位置是否有相关性。