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隐真菌门（Cryptomycota）是最近才建立的、隶属于真菌界的一个新的门。本文简要回顾了隐真菌门的来历及建立的依据，介绍了隐真菌的研究进展。系统进化分析显示，隐真菌位于真菌进化树的基部；依据已有的分子序列估计其种类非常丰富，在土壤、海洋与淡水环境中广泛分布。隐真菌细胞壁无几丁质，但其基因组中存在具有肌球蛋白结构域的Ⅱ型几丁质合成酶基因；生活史相对简单，包括游动孢子、孢囊与孢子囊等阶段；通常在壶菌等真菌细胞内寄生，可通过吞噬作用吸收营养。由于壶菌可侵染浮游植物，因此推测隐真菌可能在水体初级生产及碎屑食物