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日益增长的低碳冷链物流需求,迫切需要政府出台合理的碳排放权交易和新能源冷藏车补贴政策,引导冷链物流企业购置新能源冷藏车代替燃油冷藏车。运用双层规划方法构建了低碳冷链物流配送系统优化决策模型,上层为政府目标,追求整体冷链配送系统总成本最小化;下层为冷链物流企业目标,追求企业成本最小化。用混沌粒子群算法求解了该模型,并将此方法应用于W市冷链物流配送系统优化决策,得到了联合采用新能源冷藏车补贴和碳排放权交易政策比单独采用其中之一更能有效促进企业节能减排等结论,以期为政府和企业决策提供科学的依据,为提高整个社会的节能减排提供一定的思路。