目的了解2015—2016年上海市浦东新区病毒性腹泻感染中腺病毒感染的分子流行病学特征。方法采集浦东新区14家二、三级医疗机构肠道门诊中的腹泻患者粪便标本和信息,通过实时荧光聚合酶链式反应（real-time PCR）方法对样本中的腺病毒等5种腹泻类病毒进行初筛;对腺病毒初筛阳性标本,通过人喉癌上皮细胞（Hep-2细胞系）分离腺病毒毒株;通过PCR,扩增腺病毒六邻体蛋白（Hexon蛋白）部分片段并测序,测序结果使用BioEdit软件进行整理,MEGA软件构建腺病毒系统进化树,BEAST软件对腺病毒核苷酸替换率进行分析。结果 2015—2016年,浦东新区疾病预防控制中心共采集腹泻病例样本4 089份,在1 595份腹泻病毒初筛阳性样本中,有腺病毒阳性146份,腺病毒的检出率为3.57%（146/4 089）,腺病毒在腹泻病毒中的构成比为9.15%（146/1 595）。腺病毒感染的男女比为1.56∶1,0～9岁是所有年龄组中最易感染腺病毒腹泻的年龄组。腺病毒感染没有明显的季节分布。分离到的58株毒株共有11个腺病毒血清型,以腺病毒41型（22株）和3型（18株）血清型为主。腺病毒的核苷酸变异率为3.53×10^-6核苷酸替换/位点/年。结论腺病毒41和3型是本地区腺病毒腹泻的主要病毒基因型,存在腺病毒核苷酸替换,需要加强腺病毒感染腹泻的研究与防控,避免因腺病毒感染导致的聚集性疫情的发生。