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黔南布寨生物礁受同沉积断层控制，发育在开阔台地边缘，其西南部和东北部分别是台盆相和滨海相沉积区。礁主要由以层孔虫和床板珊瑚为主的群落建成。礁相可明显划分出礁前、礁核、礁翼和礁后等亚相，其中礁后亚相与邻区的生物礁有很大区别，显示它发育在比邻区礁相对较深的环境中。生物礁的发育受到海平面升降的控制，分为两个大的旋回，分别形成鸡泡段和鸡窝寨段的生物礁。