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小麦条锈病是小麦生产上的主要病害,抗条锈病小麦新品种的选育是综合防治小麦条锈病的最佳途径。分子标记技术具有不受环境和植株正常生长发育影响的特点,结合传统抗病性鉴定可在育种早期对植株抗病性进行综合分析,快速有效地进行育种选择,从而大大缩短育种进程,提高育种效率。本综述从小麦抗条锈病基因遗传图谱构建、小麦种质资源抗条锈病状况评价、抗性基因差异表达及抗性材料遗传多样性分析等4个方面论述了3代分子标记在小麦抗条锈病遗传育种中的应用及研究进展,对全基因组关联研究与蛋白质组学技术结合在小麦抗条锈病遗传机制研究中的应用进行了探讨。