【摘 要】
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目的 利用网络药理学及分子对接技术挖掘桔梗联合枳壳药对治疗泌尿系结石的潜在机制.方法 利用传统中药系统药理学数据库和分析平台(TCMSP)进行桔梗、枳壳中药活性成分分析及靶基因筛选.使用GeneCards、OMIM、TTD、Pharmgkb、Drugbank疾病数据库获得泌尿系结石相关基因.使用Cytoscape构建“成分-靶点”网络,使用CentiScape计算活性成分度值(DC).使用STRING数据库下载蛋白与蛋白相互作用(PPI)数据,导入Cytoscape,使用CytoNCA插件处理获取核心靶基
【机 构】
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武汉市中医医院,武汉 430014;广州中医药大学第二临床医学院,广州 510006
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目的 利用网络药理学及分子对接技术挖掘桔梗联合枳壳药对治疗泌尿系结石的潜在机制.方法 利用传统中药系统药理学数据库和分析平台(TCMSP)进行桔梗、枳壳中药活性成分分析及靶基因筛选.使用GeneCards、OMIM、TTD、Pharmgkb、Drugbank疾病数据库获得泌尿系结石相关基因.使用Cytoscape构建“成分-靶点”网络,使用CentiScape计算活性成分度值(DC).使用STRING数据库下载蛋白与蛋白相互作用(PPI)数据,导入Cytoscape,使用CytoNCA插件处理获取核心靶基因.使用R软件进行相关靶基因基因本体(GO)和京都基因与基因组百科全书(KEGG)富集分析.对活性成分及核心基因作分子对接.结果 从桔梗、枳壳中共筛选12个活性成分,30个治疗泌尿系结石的靶基因,构建“成分-靶点”网络.筛选得出PPI核心靶基因共12个.GO功能富集显示在生物学功能方面,桔梗、枳壳主要参与G蛋白偶联受体活性、抗氧化活性等生物学过程.KEGG通路富集显示,桔梗、枳壳治疗泌尿系结石主要涉及肿瘤坏死因子(TNF)、白介素17信号通路(IL-17)、VEGF信号通路及雌激素信号通路等.分子对接结果提示luteolin(木犀草素)、nobiletin(蜜橘黄素)与核心蛋白(MAPK1、VEGFA、MMP9)结合能均≤-6 kcal/mol.结论 桔梗、枳壳药对中木犀草素、蜜橘黄素等活性成分可从氧化应激、炎症反应、细胞损伤、性激素等多个途经防治泌尿系结石.
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目的:采用网络药理学和分子对接探讨三棱-莪术治疗(CAG)的作用机制.方法:利用TCM-SP数据库收集三棱-莪术的活性成分和蛋白靶点,利用Uniprot数据库进行基因名转化,综合Gene-Cards、OMIM、PharmGKB和DrugBank数据库收集、筛选出CAG的相关靶点,与三棱-莪术作用靶点取交集,获取三棱-莪术与CAG的共同靶点;利用String数据库获取共同靶点的蛋白互作关系并且用Cytoscape软件进行可视化分析,随后利用Cytoscape软件绘制活性成分-共同靶点网络;最后利用R软件对共
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