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分子动力学（MD）模拟可以很好地用于揭示蛋白质等生物大分子体系在原子尺度的结构及功能的关系．分子动力学模拟通常产生海量的描述分子在模拟中运动的数据，包含很多模拟轨迹以及随时间演化的各个原子的坐标和速度等．为了从这些海量数据中获得体系的分子机制，需要发展并利用聚类算法来将这些海量数据进行归类．聚类算法通常将具有某些相似度的构象聚成一类，这些相似度可以分为两类，几何相似度以及动力学相似度．对应地，用于分析分子动力学模拟的聚类算法通常可以分为两大类：几何聚类及动力学聚类．本文列举了一系列常用的用于分子动力学模拟