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种业是现代农业发展的生命线，是保障国家粮食安全的基石。因此，对种业企业的生产效率进行分析，找出种业企业生产的优势和不足之处，以更好地为农业发展提供保障。本文选取了7家种业上市公司2003-2012年的数据，利用数据包络分析法对企业的生产效率进行了分析，发现种业企业的规模效率较低是影响综合效率的关键，与同板块的其他农业类企业相比，种业企业存在资源配置效率低、研发投入不足等问题。因此提出应加大种业企业研发投入，提高科技含量，以及适度降低规模以提高资源配置效率的建议。