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为了探讨叶绿体基因组结构变化与系统发生的关系,以烟草为参照,系统比较了禾本科植物叶绿体基因组结构的进化。结果发现：（1）大单拷贝序列上产生3个倒置;（2）3个基因accD、ycf1、ycf2退化;（3）clpP、rpoC1内含子序列丢失;（4）IR与SC的边界变化,大都发生于科的水平,但也存在一定的层次性。结构变化的系统发生与叶绿体基因内含子构建的系统进化树相一致。叶绿体基因组的结构变化可以用于构建相关植物的系统发生。