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针对信息、过程与功能3要素关联分析与表达的需要，提出并实现了一种基于功能网链及其共栖网链的形式化表达与分析方法。该方法将企业应用系统封装为由功能元素集与关系特征集构成并带有信息流向与过程时序的功能网链，并基于对功能网链的横向整合与纵向展开，实现对应用系统融合方案的分析与优化。以集成质量系统与企业资源计划系统之间的融合分析为例，验证了该方法的实用性与有效性。