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小新月菱形藻是一种海洋真核单细胞硅藻,是水产养殖中应用广泛的饵料之一.先前认为,该藻属于硅藻门,硅藻纲,硅藻目,硅藻科,菱形藻属.本文对小新月菱形藻进行了微分涉相差(differential interference contrast microscopy,DIC)显微镜形态观察;分别用高效液相色谱法(high performance liquid chromatography,HPLC)和气相色谱(gas chromatography,GC)分析了该藻及三角褐指藻(舟形藻目)的色素、脂肪酸组成;应用简并性引物策略、PCR或结合RACE技术分别得到了小新月菱形藻的18SrDNA部分序列、全长5.8S rDNA、ITS1和ITS序列、部分28S rDNA序列、actin基因、一个类似Δ5脱饱和酶全长cDNA,并在转基因酵母中鉴定其具有Δ5脱饱和酶功能.从生化及分子水平系统比较了小新月菱形藻、三角褐指藻和新月细柱藻(硅藻目)的亲缘关系,揭示小新月菱形藻18S rDNA与三角褐指藻株系相似性为99.9%以上;小新月菱形藻5.8S rDNA序列与三角褐指藻的相似性为100%,而与新月细柱藻的相似性为96.2%;小新月菱形藻ITS1和ITS2序列与三角褐指藻的相似性均为98.6%,而与新月细柱藻的相似性分别为38.2%和37.04%;小新月菱形藻actin蛋白质序列与三角褐指藻的相似性为100%;小新月菱形藻的Δ5脱饱和酶氨基酸残基序列与三角褐指藻相关酶序列的相似性为99.4%.因此,本研究认为,小新月菱形藻在系统分类上应不属于硅藻目,硅藻科,菱形藻属,而应该属于舟形藻目,褐指藻科,褐指藻属,并极有可能是三角褐指藻的一株。