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本发明公开了一种微波辅助提取一高速逆流色谱联用方法及其装置，首先采用微波辅助提取模式提取物料；然后提取液浓缩预分离；最后通过高速逆流色谱纯化制备得到目标组分或分析天然产物提取液中的目标组分；上述步骤通过接口及转换控制实现微波辅助提取、分离、纯化、高速逆流色谱制备或分析的集成在线。本发明集提取、分离、纯化、制备或分析于一体，具有快速高效、高选择性的特点，实现天然产物快速高效的在线提取分离、纯化制备或分析，在食品、医药以及生物等领域有广泛的应用前景。