用实时荧光定量PCR检测NAT2基因型及其意义

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目的 探讨深圳地区汉族人中NAT2基因分布特征,为开展NAT2基因与肿瘤相关性研究和药物代谢性疾病诊治提供依据。方法将DNA浓度为40 ng/μl的标本进行1×100、1×101、1×102、1 ×103、1 ×104倍比梯度稀释,以验证实时荧光定量PCR检测NAT2基因的灵敏度。采用实时荧光定量PCR结合TaqMan探针技术检测554名深圳汉族健康人NAT2基因282、341、481、590和857突变位点,并进行基因分型。同时用直接测序法对47名健康人标本进行平行检测,以验证和评价荧光定量PCR检测NAT2基因的敏感度、特异度和准确性。结果 经倍比梯度稀释试验验证实时荧光定量PCR检测NAT2基因的灵敏度可精确至10-4ng/μl。采用实时荧光定量PCR从554名深圳汉族人中检出NAT2*4、*5、*6、*7、*11等位基因频率分别为64.6%( 358/554)、6.3%( 35/554)、25.3% (140/554)、30.0%( 166/554)、0.6%( 3/554)。主要基因型NAT2* 4/*6、*6/*7、*13/*13或*12/*12或*4/*4、*4/*7、*7/*13、*12、*6/*13(*12)频率依次为12.3%(68/554)、8.3% (46/554)、7.6%(42/554)、40.5%(224/554)、8.1% (45/554)、7.2% (40/554)、5.6%(31/554),7种基因型约占总基因型的89.6% (496/554)。深圳地区汉族人中NAT2基因主要等位基因为*4、*6、*7、*13,表型以快乙酰化型和中间型为主,分别占40.5%( 224/554)、46.7%(259/554),慢乙酰化型仅占12.8%(71/554)。用荧光定量PCR和直接测序法平行检测47名健康人NAT2基因,与直接测序法比较,检测282、341、481、590、857位点的敏感度分别为88.2% (30/34)、87.5%( 7/8)、80.0% (4/5)、100.0% (22/22)、93.8% (15/16),特异度分别为100.0% (13/13)、94.9% (37/39)、100.0% (42/42)、96.0%( 24/25)、96.8%( 30/31),准确性分别为91.5%(43/47)、93.6%( 44/47)、97.6%( 46/47)、97.9% (46/47)、95.7% (45/47)。结论实时荧光定量PCR检测NAT2基因的灵敏度、敏感度、特异度高,适用于临床及科学研究,深圳地区汉族人主要NAT2等位基因是*4、*6、*7,最常见慢乙酰化表型为*6/*7,这为与NAT2基因相关的代谢性疾病及肿瘤研究提供了数据。

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