表层水体中的浮游生物群落在生物地球化学过程中起重要作用,其生物地理分布通常与水文等环境条件相关。近年来DNA测序等方法已成为研究海洋生态系统中真核生物群落的重要工具,在本研究中采用ITS1作为DNA标记评估我国沿海表层水中的真核浮游生物多样性。BLAST结果表明,大部分ITS1序列隶属于6个真核类群,包括浮游动物、真菌和囊泡虫类等。这些主要的真核生物类群可以将采样点分为显著不同的5个聚类,而每个聚类中的特征真核生物门类表现出显著的地理分布差异。总体上,真核浮游生物群落的多样性水平与经纬度、水深、温盐等参数显著相关,自北向南有显著升高的趋势。真核生物群落差异(β-多样性)随地理距离的增加而加大。这提示真核浮游生物在我国沿海表层水中显示出地理限制。本文为中国沿海浮游生物的生物地理研究提供了分子生物学数据基础。