社会科学和自然科学在研究对象、方法和模式上存在显著差异。为了正确对待二者之间的差异与融合,人们有必要重新审视诸如复杂系统范式等自然科学范式之于社会科学研究的适用性。适用性问题分析是研究科学思维和方法跨学科应用的逻辑前提。剖析社会系统的复杂性本质,重构社会科学的认知模式,不仅有助于澄清复杂系统范式的理论基础、实践规范和方法,及其在社会科学研究中的适用层次及其适用度,交叉研究的成果也可以丰富和深化复杂性理论本身。人们运用复杂系统范式去认识社会系统,考虑到系统动态演化的过程性,摆脱机械决定论,改变了传统社会科学的认知模式。但是,这种方式却常常只注意到社会系统的物质构成和关系构成,容易忽视社会系统的思想层面。事实上,社会系统思想层面的复杂性和多样性,更有利于凸显社会系统区别于自然系统的独特性,同时也构成了大部分社会科学理论和知识体系的本体论争论的根源。复杂系统范式下的社会科学研究开启了社会科学哲学研究的一个新方向,为在哲学层面上反思社会科学理论和实践提供了重要平台。