1998年7月，全国打击走私工作会议在北京召开，会议确立了“联合缉私、统一处理、综合治理”的缉私体制，决定组建海关缉私警察队伍，受海关总署和公安部双重垂直领导，以海关总署领导为主。
　　1999年1月4日，经公安部党委研究决定，任命牟新生为海关总署走私犯罪侦查局第一政治委员（兼），陆志强为海关总署走私犯罪侦查局局长。
　　1999年1月5日，海关总署走私犯罪侦查局挂牌成立，专司打击走私犯罪，中国海关缉私警察宣告诞生。至当年9月，全国海关42个走私犯罪侦查分局全部组建完成，纳入当地省级公安机关序列。
　　1999年4月20日，深圳海关缉私局在非设关地查缉走私红油过程中遭遇走私分子疯狂袭击，缉私民警在警告无效后果断扣动冲锋枪扳机，顺利抓获犯罪嫌疑人。这被誉为“中国海关缉私警察打响的第一枪”。时任国务院总理朱镕基批示：打得好，还要狠狠打。
　　1999年8月18日，中央“4·20”专案组进驻厦门全面开展厦门远华特大走私案侦办工作，从全国海关缉私部门抽调的缉私民警进驻专案组参与案件侦办工作。2000年11月8日，首批25起案件一审公开宣判，涉案货值约530亿元，偷逃税约300亿元。
　　2001年8月，中央“8·15”专案组进驻汕头办案，汕头海关缉私局缉私民警参与案件侦办工作。该案案值193.9亿元，偷逃税38.7亿元。
　　2002年6月7日，黄埔海关走私犯罪侦查分局破获特大走私、贩卖毒品案，查获海洛因375.2公斤、易制毒化学品麻黄碱1.9吨。
　　2002年10月22日，根据国务院批复，海关总署走私犯罪侦查局更名为海关总署缉私局，增加查处走私、违规案件的行政执法职能，各直属（隶属）海关走私犯罪侦查分（支）局随职能更名为所在海关缉私局（分局）。
　　2004年1月1日，经中央机构编制委员会办公室批准，海关总署主办世界海关组织亚太地区情报联络中心工作，期限为2004年1月1日至2011年12月31日。
　　2004年6月1日，全国打击走私综合治理办公室改设至海关总署缉私局，负责牵头、组织、指导、协调全国打击走私综合治理工作。
　　2007年5月28日，国务院批准建立打击走私综合治理部际联席会议制度，由海关总署署长任召集人，31个中央部、委（办、局）参加联席会（后增至33個）。
　　2011年7月23日，厦门海关缉私局依法对赖昌星走私犯罪集团首要犯罪嫌疑人赖昌星执行逮捕，对其涉嫌走私普通货物罪展开侦查，并于12月底依法侦查终结，移送厦门市人民检察院审查起诉。2012年5月18日，厦门市中级人民法院对赖昌星涉嫌走私、行贿犯罪作出有罪判决。
　　2012年，组织全国海关缉私部门开展打击走私“国门之盾”专项行动。
　　2013年6月20日，国务院打击走私工作座谈会在深圳召开。中共中央政治局委员、国务院副总理汪洋出席会议并作重要讲话。会后组织开展了打击走私专项斗争和联合行动。
　　2014年，组织全国海关缉私部门开展打击农产品走私“绿风”专项行动、打击毒品走私“紫光”专项行动、打击濒危物种走私“守卫者”专项行动。
　　2015年，组织全国海关缉私部门开展强化监管打私“五大战役”。
　　2016年，组织全国海关缉私部门开展打击走私“国门利剑2016”联合专项行动。