针对当前多微网能源交易中未充分考虑供能侧与需求侧的互动关系，且随着碳交易市场的全面发展，多主体在碳交易机制下能源交易时的利益交互关系需深入挖掘等问题，提出一种基于纳什议价的多微网综合能源系统分布式低碳优化运行策略。首先，综合考虑多微网综合能源系统能源交易中各微网运营商以及用户的利益诉求，基于纳什议价理论构建碳交易机制下多个微网运营商与代表整个多微网用户侧利益的负荷聚合商的合作运行模型。其次，在证明所提纳什议价模型可以最大化社会效益的基础上，将原问题转化为易于求解的两个子问题，运用交替方向乘子法先后对两个子问题进行分布式求解，在交互有限信息的基础上达到博弈均衡，充分保证了各交易主体的信息隐私。最后，通过算例对比证明了所提方法在减少碳排放、提升个体效益和社会效益上的有效性，并深入分析了在碳交易机制下多主体合作运行减少碳排放的综合原因。