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在植物系统与进化研究中，为了揭示真实本质，必须从分子水平进行研究。植物分子系统学的研究包括两大方面，一是蛋白质与酶，二是核酸。酶电泳是分子水平上研究植物分子遗传学最经济有效的方法，可以有效地揭示自然居群中遗传结构、基因流动、变化系统、选择作用和系统发育等问题。植物核酸系统学的研究倍受青睐，因为核酸分子是最基本的进化单元，几乎不受主观因素影响。相关的核酸分析技术主要有：ＤＮＡ杂交、ＤＮＡ限制酶谱分析、ＲＦＬＰ分析、ＤＮＡ指纹图技术、ＲＡＰＤ分析和核酸序列分析。在植物系统学和进化研究中，结合各方面的生物学证据，才能显示植物分子系统学的独特优势。