目的:探讨中医服务及医院医保农合补偿机制对医院管理的影响,提出针对性的应对措施。方法:对2013年10月至2016年10月我院管理情况进行分析,采用文献分析法、系统分析法及敏感性分析等多种方法分析,了解中医服务及医院医保农合补偿机制对医院管理的影响。结果:中医院2013年10月至2016年10月总体运营效果不佳,且在2015—2016年医院出现亏损,且亏损季度多集中在第一季度和第二季度,分别为-2137元和-784元;2013年10月至2016年10月医院中药饮片占药品收入比例及加成率呈逐年上升趋势,不同年份比较差异有统计学意义(P<0.05);2013年10月至2016年10月中医院不同季度中药饮片经营状况不同,且多集中在第二季度与第三季度;中医院2013年10月至2016年10月医院补偿收入逐年呈现上升趋势,并且补偿收入占总入的比例也趋于上升趋势,不同年份比较差异有统计学意义(P<0.05);中医院2013年10月至2016年10月医院补偿收入不同季度比较差异无统计学意义(P>0.05);中医服务及医院医保农合补偿机制建立后服务态度、药品质量、患者满意度及管理质量满意度,显著高于建立前(P<0.05)。结论:医院管理过程中应该对中医服务采用科学方法测算其成本,根据医院实际情况增加中药饮片的加成率及医院补偿渠道,必要时可以收取中药饮片药事服务费用,并建立适当的新农合补偿机制,提高医院管理质量。