在《本草纲目》中，李时珍明确提出：“饮食者，人之命脉也，而营卫赖之。故曰：水去则营竭，谷去则卫亡。”他认为一个人的健康长寿，首先取决于合理的饮食结构和饮食方法。
　　食补：鸭肉补虚，羊肉补形
　　关于食补和食疗，李时珍论述很多。如豆芽“甘温无毒”，可治“湿痹膝痛，五脏不足，脾胃气结积。壮气力，润肌肤，益颜色，填骨髓，补虚损”；胡萝卜，“性甘、辛，微温，无毒”，可治“下气补中，利胸膈肠胃，安五脏，令人健食。”家禽中鸭肉，“主大补虚劳，最清毒热，利小便，除水肿，消胀满”；若将鸭肉同糯米煮粥食之，有养胃补血、生津作用，对病后体虚者，大有裨益；乌鸡“性甘，微温，无毒”，可治“肚痛，心腹恶气，除风湿麻痹，安胎。”并附方“补益虚弱：虚弱人用乌雄鸡一只洗净，五味煮极烂，空腹饮食之”，“或五味腌灸食”。家畜中羊肉是大补之物。李时珍说，它能和人参、黄芪相比；“黄芪补气，而羊肉补形“。吃羊肉时，肚子要留有余地，不可吃得太饱，饱则伤脾坏腹。关于鱼类的营养及吃法，李时珍也有诸多论证。如鲤鱼“性甘，平，无毒”，若煮食，可“治咳逆上气，黄疸，止渴。”生者，可“治水肿脚满，下气。怀妊身肿，及胎气不安。”
　　粥：老年人食粳米粥
　　李时珍提倡老年人食粥。他认为：老人牙齿损坏者多，脾胃功能虚弱，实行粥养最佳。“每日起食粥一大碗，空腹虚，谷气便作，所补不细，又极柔腻，与肠胃相得，最为饮食之妙诀也。”做粥的原料最好是粳米，因其性甘平，是健脾胃、培中气的良药。在《本草纲目》中，李时珍还写了胡萝卜粥的制备与服法：新鲜胡萝卜适量，切丁，同粳米煮粥，每日早晚服用。胡萝卜甘辛微温，若经常食用，现代研究看来，可防治高血压，增强老年人体质。
　　酒：酒后勿饮茶
　　至于饮酒，李时珍在其《本草纲目》中这样写：“酒，天之美禄也。少饮则活血行气，壮神御寒，消愁遣兴。痛饮则伤神耗血，损胃亡精，生痰动火”。“若夫沉湎无度，醉以无常者，轻者致疾败行，甚则丧邦亡家，而陨躯命。其害不胜言矣！”还说：“过饮不节，杀人顷刻……善摄生者宜戒之。”此外，李时珍强调酒后不要饮茶。他写道：“酒后饮茶伤肾脏，腰脚坠重，膀脘冷病，兼患痰饮水肿，消渴挛痛之疾”。若从中医阴阳学说来看，饮酒会升阳发散，促进血液循环；而茶苦味，属阴，主降。若酒后饮茶，必将酒性驱于肾。而肾主水，水生湿，从而形成寒滞；寒滞则导致小便频浊，大便结燥。所以，酒后不宜饮茶，而应吃些水果。