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代谢组学由于其从代谢网络终端表象的整体角度反映生物体的功能状态，包含了生物系统生理表型直接的、全面的生物标记物信息，与中医学整体观念和辨证论治思想相吻合，是正确理解机体生理、病理和方剂作用机制的关键。代谢组学分析的是生物体受外部刺激或基因修饰后所产生的全部代谢产物，代谢组学技术和策略为中医证候实质研究带来了希望，为深刻系统理解方剂的作用机制提供了契机和条件。