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上世纪90年代末期，随着我国市场经济体制的逐步建立，一大批国家级的科研院所也进行了机构改革，纷纷按照现代企业制度改制成为高新技术企业，然而科研院所转制后面对市场竞争压力纷纷进行“短平快”的科研项目研发，而研发周期长的基础科学研究越来越被忽视，直接制约了科研院所的创新能力。本文从制约科研院所创新能力的内部因素和外部因素进行分析，并在此基础上提出相关政策建议。