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我国流域环境持续恶化,环境质量下降反作用于经济发展,严重影响了流域发展的协调性和可持续性。从流域环境的特征分析,流域环境经济复合系统是由社会、经济与环境作用而形成的开放的复杂巨系统,符合开放的复杂巨系统的基本特征,系统发展中呈现非平衡向有序发展的自组织演化过程,具有明显的耗散结构特征和分形特征等自组织系统特征。以系统理论来研究和解决复杂流域环境问题,提出从定性到定量综合集成研究方法的应用模式,包括提出问题和形成判断,系统建模、仿真分析与优化,结果分析与综合集成,结论与建议等4个步骤。